Das Hülfensbergdorf Großtöpfer hat seine älteste urkundliche Erwähnung vom 20. Dezember 1195. Die „Topfmacher“ vergangener Jahrhunderte gaben dem jetzt 165 Einwohner zählenden Dorf den Namen, das seit alter Zeit ein Zubehör der Burg „Stein“ (Bischofstein) war.
Das Dorf war als Burglehen in den Händen einer Ritterfamilie, die sich nach dem Dorfe nannte.
1465 verkauften die von Topphere ihr Dorf an die von Hanstein. Zu Anfang des 15. Jahrhunderts und im 16. Jahrhundert befand sich im Ort eine Gerichtsstätte. Die von Hanstein übten bis 1849 die Gesamtgerichtsbarkeit aus.
Die jetzige evangelische Kirche wurde 1771 eingeweiht. Auf dem beschieferten Dachreiterturm sind in der Wetterfahne die drei Hansteiner Halbmonde und die seit 2002 bekannt gewordene Jahreszahl 1745 zu sehen. Das alte, dem heiligen Petrus geweihte Gotteshaus, war 1568 an die Protestanten übergegangen. Es brach 1700 wegen Baufälligkeit zusammen.
Mit dem Bau einer neuen katholischen Kirche wurde 1901 begonnen und sie wurde 1902 auf den Namen „St. Aloisius“ geweiht. Der Bau, sowohl als auch die Ausgestaltung der kleinen Kirche wurde von Wohltätern finanziert.
1837 wird eine katholische und eine evangelische Schule genannt.
Im 1994 eingeweihten Bürgerhaus befand sich von 1943 – 1956 die Schule und dann bis 1990 der Kindergarten.
Zwischen Großtöpfer im Landkreis Eichsfeld und Frieda im Werra-Meißner-Kreis steht an der Landesgrenze Thüringen/Hessen ein 1731 erneuerter Geleitstein; vorher bestand bereits ein 1583 aufgestellter Geleitstein in anderer Form.
Es gehört zu den lokalen Besonderheiten, dass in dem kleinen Ort gleich zwei Kirchen stehen, eine evangelische und eine katholische.