Die erste Verbindung des Ortes mit dem Kloster trat 1352 ein. 1381 wurde das Dorf mit dem Gericht an das Kloster Anrode verkauft, das den Bewohnern erlaubt, die Kirche auf dem Hülfensberg zu nutzen und ihre Toten auf dem Berg zu begraben.
Die Äbtissin Benigna nennt 1671 Bebendorfs „wenige Höfe als dem Hülfensberg einverleibt“.
1675 hat Bebendorf 47 Einwohner: 10 Männer, 13 Frauen, 9 Söhne und 15 Töchter. Bis 1787 steigt die Zahl der Einwohner auf 165.
1903 bekommt Bebendorf einen eigenen Friedhof.
Beide Dörfer, Bebendorf und Döringsdorf lagen seit 1952 zusammen mit dem Hülfensberg im 500 m Schutzstreifen entlang der Zonengrenze nach Westdeutschland und waren dadurch bis 1989 praktisch von der Außenwelt isoliert. Das Leben in diesen Gemeinden unterlag strengsten Sicherheitsbestimmungen, Besucher durften nur sehr begrenzt mit Sondergenehmigungen einreisen.
Erst nach der Grenzöffnung und der Wiederbelebung des Hülfensberges als beliebtesten Wallfahrtsort des Eichsfelds, änderte sich auch für die Bewohner dieser beiden kleinen Orte die Lebensweise entscheidend. Sie zeigen sich heute dem Besucher in völlig neuem Gesicht.